Muy perdido!

La clave esta en el ERTO, o sea tenes que ver que ancho de aro es ideal para esas cubiertas. Googliando encontras algunas tablitas.

La circunsferencia de los aros de las 29er son 700c,lo que cambia es que los de las mtb son mas anchos y pesados que los de las ruteras. Si el cuadro que vas a comprar es de rutera no le van esas cubiertas porque van a rodar en las vainas y orquilla,esas cubiertas son para una hibrida o de ciclocros.

pero si Mercuri le dijo que entraban las de 700 x 35 entonces va a andar bien. Te cuento, yo uso un cuadro de pistera (como los que hace Mercuri) y voy con cubiertas de ese tamaño que entran justas, ya 700 x 38 no entran. Como bien te dijeron más arriba, el rodado 28 y el 29 en realidad usan el mismo tamaño de llanta, que es la comunmente llamada 700 o segun la clasificacion ETRTO 622. Para mejor ejemplo te pongo un aviso de

Te cuento que esas son muy lindas cubiertas porque son las más anchas y al contar con más volumen de aire hacen muy suave el andar. Te sirve cualquer llanta 28 pero tenés que ver que no sea una llanta para rutera porque sulen ser mucho más angostas para aceptar la cubierta (622 x 20) que la que se usaría para una híbrida o para una de ciclocross (622 x 35/37 o 38 en ISO)o una 29. Como te dijeron arriba si la distancia entra vainas te lo permite, dale para adelante siempre y cuando no pienses usarla para el barro, que no creo que sea el caso. Tenés un buen artículo acá:
http://biciclub.com/medidas-de-cubiertas/

Muchas gracias a todos por la onda, me sirvio mucho las explicacion.. sigo leyendo! yo queria buscar confor de marcha por sobre todas las cosas.. ya que las calles de mi ciudad estan bastante mal tratadas.

clincher son las cubiertas "normales", las que se encajan en la llanta con un sacacubiertas y llevan una cámara adentro, las tubo viene cubierta y camara integrada y se pegan a la llanta, las semi-tubulares nunca supe bien como son, pero si sirven para clincher, es lo que estas buscando.
Yo tenia 700 x 28 y me pase a 700 x 35 por la misma razón que vos, las calles están muy poceadas y andaba siempre ocn miedo de pinchar o reventar la llanta de un golpe, ahora ando mucho más cómo y seguro.

Yo tengo una híbrida que le puse llantas de 29er con cubiertas traveller CST 700x38. Yo me tiraría por un 700x28 para el cuadro que mencionás. Unas 700x32 a lo sumo, bien ciclocross. Pero de 28 para abajo usaría una llanta para clincher.
Saludos.